Zurzeit sind supraleitende Magnete, die am häufigsten verwendeten Magnete im MRT. Das Magnetfeld wird erzeugt, indem elektrischer Strom durch eine supraleitende Drahtspule geleitet wird, die eine Temperatur nahe dem absoluten Nullpunkt besitzt. Bei diesem Temperaturbereich verlieren bestimmte Metalllegierungen ihren elektrischen Widerstand und ermöglichen so die Erzeugung eines sehr starken und konstanten Magnetfelds. Dieser Vorgang wird als Supraleitung bezeichnet. Als Kühlmittel wird flüssiges Helium verwendet, mit dem die Temperatur auf ca. 4 K gesenkt wird.
Supraleitende Magnete benötigen nur beim Starten, für die Erzeugung des Magnetfelds elektrischen Strom. Zur Aufrechterhaltung des Magnetfelds wird keine weitere Energie benötigt, hierzu reicht die Kühlung aus. Ihr Hauptvorteil besteht in der hohen Magnetfeldstärke und der guten Homogenität des Magnetfelds. Ihr Nachteil besteht aus den hohen Anschaffungs- und Unterhaltskosten, sowie der Notwendigkeit von Kühlgasen.